マルチサイト化したWordPress3.3.1において、Google Chromeで下記のように子サイトにおいてCSSが反映されない現象への対応です。
[問題] Google ChromeにてWordPressをマルチサイト化した時、子サイトのCSSが反映されないため表示がくずれる(ただしIEでは、くずれない)
[環境] サーバー Core-mni
WordPress 3.3

親サイトはちゃんと表示されますが、子サイトはこのようにCSSが反映されていない表示となります。
この解決には、.htaccessを書き直す必要があります。
Core-miniでは、PHPをCGIモードで動かしたいたのですが、これがまずいようです。
<変更前の記述>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
<変更後の記述>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
# ファイルのアップロード
<files async-upload.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>
# プラグインの新規インストール
<files plugin-install.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>
# テーマの自動アップグレード
<files update.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>
# コアアップグレード
<files update-core.php>
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
</files>
このように変更すると、下記のようにまともな表示となりました。

参考